藏红花的副作用主要表现为腹部不适、腹痛、腹泻，甚或胃肠出血，腹部绞痛。

藏红花虽然对于调节女性身体有益，但是服用过量，会影响女性内分泌情况，造成内分泌失调，产生一系列副作用。对于正常女性来说，月经一般是很有规律的。由于藏红花内富含女性所需的各种成分，极易造成月经周期过短和经期增长，从而严重影响女性身体健康。

藏红花中毒时，有的可出现神志萎靡不清、震颤，严重者可致惊厥，呼吸先兴奋后抑制，以至循环、呼吸衰竭；少数病人出现头晕、皮疹和一过性荨麻疹等。如果长期服用还会引起神经兴奋，打乱睡眠等作息习惯。