h7n9型禽流感的病因一：病毒吸附在细胞表面含唾液酸糖蛋白受体的上面，然后通过受体介导细胞进行内吞作用，病毒进入细胞。这包括暴露于核内体内低pH，导致HA构象改变且介导膜融合。这样，核衣壳便进入胞浆并移向了胞核。流感病毒利用独特机理从而转录。

h7n9型禽流感的病因二：启动转录时，病毒核酸内切酶从宿主细胞mRNA上切下5个帽子结构，并以此作为病毒转录酶进行转录的引物。产生出6个单顺子的mRNA，并转译成HA、NA、NP与三种聚合酶(PB1、PB2和PA)。NS和M基因的mRNA进行拼接，每一个产生出两个的mRNA，依不同阅读框架进行转译，产生NS1、NS2、M1和M2蛋白。HA和NA在粗面内质网内糖基化，在高尔基体内修饰，然后转运到表面，植入细胞膜中，HA需要宿主细胞蛋白酶将其裂解成HA1和HA2，但两者仍以二硫键相连，这种裂解可生成传染性病毒，并以出芽方式从质膜排出细胞。

h7n9型禽流感的病因三：禽流感病毒抗原性变异的频率很高，且主要以两种方式进行：抗原漂移和抗原转变。抗原漂移可引起HA和/或NA的次要抗原变化，而抗原转变可引起HA和/或NA的主要抗原变化。